Also ich versuch mal mein Glück,denn es klingt ganz nach einer falschen Vergesellschaftung erstmal.

Zu dem Weibchen erstmal...

Weibchen sind generell eher dominant und es ist ein normales Verhalten,dass sie versucht durch das berammeln klar zu machen,dass sie der Chef sein will.
Es war aber falsch von dir,die Tiere danach wieder zu trennen,denn bei Kaninchen ist eine VG immer mit Stress,knurren,jagen,Fell ausreißen verbunden und man darf,solange kein Blut fließt nicht dazwischen gehen!!!Auch,wenn man immer das Gefühl hat eingreifen zu müssen.
Und daher ist es auch nicht unüblich,dass jetzt nur noch 2er Paare zusammen leben können.
Ich hoffe,dass alle Päärchen einen anderen Auslauf haben,denn wenn du nacheinander alle in demselben Gehege laufen lässt,riechen diese ihre ,Vorgänger' und geraten in Stress,da sie erwarten,dass dort noch ein Konkurrent ist.
Zum anderen kann das Weibchen deswegen so reagieren.Hast du sie mal untersucht auf Verletzungen oder ähnliches?
Es kann aber auch daran liegen das der Auslauf bzw.der Stall zu klein ist,denn pro Kaninchen rechnet man mit mindestens 2m2 Platz und das 24 Stunden lang.
Du müsstest also für alle 6 Kaninchen 12 m2 Platz haben,denn Kaninchen neigen zu aggressivem Verhalten,wenn sie Platzmangel haben und auch andere Verhaltensstörungen können daraus resultieren.
Und was mir noch einfällt.
Wenn du die Tiere erst getrennt und ein paar Stunden später wieder zusammengesetzt hast,weiß das Weibchen noch,dass das das Männchen war,mit dem sie sich vorher noch gestritten hat und da Kaninchen sehr revierbezogen sind und in dem Fall dies nicht klären konnten,kann das Weibchen auch Angst gehabt haben.
Da ich nicht dabei war,kann ich dir nur sagen,was meiner Meinung nach das Beste ist,denn ich hab selbst 3 Kaninchen und hab schon mehrere VG durechgeführt und auch schon mit Streitereien,Beißereien,Klopfen,Fell ausreißen etc..eben das volle Programm.
Wenn du noch Fragen hast,schreib mir ruhig.
Hoffe ich konnte helfen,auch wenn es etwas spät ist.
LG Chrissie